2001 yılında bilimsel kazılar başlıyana kadar, zaman zaman bilimsel incelemelere konu olan sitin, kalenin inşa tarihinden de önceleri iskan görmüş olduğu anlaşılmakta ve  antik kaynaklardan tanıdığımız Samos’un uydusu Anaia ile özdeşleştirilmekteydi.

Kadıkalesi höyüğü erken antik dönemde Güvercinada gibi kıyıya yakın küçük bir kayalık olmalıydı.  Çevresindeki tatlısu kaynakları ve korunaklı limanları ile günümüzdeki görünümünden çok farklı bir manzaraya sahip olduğunu düşünmek mümkündür. Nitekim kazılar sırasında ele geçen çanak çömlek buluntuları buradaki ilk iskanın Son Kalkolitik  Çağ’a (m.ö 4.bin), yani yaklaşık günümüzden 6000 yıl önceye kadar gittiğini göstermektedir.

Bu güne kadar yapılan kazılar ışığında Kadıkalesi’nin tabakalaşması şu şekildedir:

Tabaka I-İslam -Bizans  (Anaia)
Tabaka II-Antik Yunan ve Roma (Anaia)
Tabaka III-Son Tunç Çağı (üç evre?)
Tabaka IV-Orta Tunç Çağı
Tabaka Va-İlk Tunç Çağı III
Tabaka Vb-İlk Tunç Çağı II
Tabaka Vc-İlk Tunç Çağı I
Tabaka VI-Son Kalkolitik Çağ

2002 yılında Bizans suru dibinde yapılan kazılarda gün ışığına çıkartılan Hitit üslubunda bronz fırtına tanrısı yada savaşcı heykelciği bölgenin İ.Ö.2.bindeki tarihi için yeni açılımlarda bulunmaya fırsat verecek bir buluntu olarak değerlendirilmelidir.

Gerçekten de başkenti Apasas (Ephesos) olan Arzawa Krallığı Ege Denizi’ni kontrol etmek isteyen Hitit Devleti’nin darbeleri altında ortadan kalkmış, yerinde oluşturulan Hitit uydusu yönetimlerden Mira Beyliği bölgeyi İ.Ö.1200 tarihlerine kadar kontrol etmişti. 

Gerek Hitit heykelciği,  gerekse kuruluşunu Anaia adlı bir Amazon kraliçesine bağlayan efsaneler Samos Boğazı’nı kontrol eden stratejik konumuyla Kadıkalesi-Anaia’daki iskanın Hititlerin bölgedeki çıkarları ve Mykenle ilişkileri  için önemli olduğunu göstermektedir.

İ.Ö.1050 tarihlerinden itibaren başlayan Hellen kolonizasyonunun önemli hedeflerinden biri olduğu Protogeometrik çanak çömleğin yoğunluğundan anlaşılır. Takip eden dönemleri temsil eden çanak-çömlek grupları Anaia’da yaşamın her zaman varlığını sürdürdüğünü gösterir.

Arkeolojik verilerle desteklenen değişik tarihli antik kaynakların bilgileri bir araya toplandığında bugün için kısa bir Anaia tarihi yazmak mümkündür. Verimli alüvyon arazisi İ.Ö.7.yüzyıldan itibaren Samos’un ilgisini çekmiş olmalıdır. Bu nedenle havzada Panionion’a bağlı bir İon kenti yoktur ve belki de Güzelçamlı’ya lokalize edilen Melia da bu nedenle yok edilmiş olmalıdır.

Anaia’nın adına İ.Ö.5. yüzyılın ilk yarısında Attika-Delos Birliği’ne vergi verenlerin yer aldığı liste içinde rastlanır. Yüzyılın ikinci yarısında ise Peloponnessos Savaşları sırasına küçümsenmeyecek bir rolü vardır.

Hellenistik çağı nasıl geçirdiği (İ.Ö.3.-2.yüzyıllar) bilinmemesine karşın, mezar taşları Roma çağında (İ.S.2.-3.yüzyıllar) Anaia’da bir Hera tapınağının varlığını işaret ederler.
Hırıstiyanlığın resmi din kabul edilmesinden sonra (İ.S.4.yy) Anaia her zaman bir piskoposluk merkezi olur.

Stratejik bir liman kenti olması Ege Denizi’nde çıkarları olan bütün büyük güçleri kendine çekmiştir. Türklerin 12. yüzyılda Batı Anadolu’ya yaptıkları akınlar Anaia’nın da Komnenoslar sülalesi tarafından bugün de kalıntıları görülen bir surla çevrilmesine yol açmış olmalıdır.

Anaia 13. yüzyılda başpiskoposluğa yükselmiş; Bizans topraklarının büyük bir kısmı Türklerin eline geçtiği Batı Anadolu’daki Bizans devletinin gümrük kapısı olmuştur.

İlk kez 2005 yılındaki kazılarda ortaya çıkmaya  başlayan anıtsal bir kilise-manastır kompleksi, burasının  12.-13. yüzyıllarda Anaia piskoposluğunun ikametgâhı yani bir ‘piskoposluk sarayı’na dönüşmüş olduğunu göstermektedir.

Bizans Devleti 1261 yılında imzaladığı Nymphaion Antlaşması ile kaleyi Cenevizlilere devreder. Sonraki 50 yıl içinde Ceneviz, Venedik, Türkler ve Katalanlar arasında el değiştiren kale sonunda 1300’lü yılların başlarında Türklerin eline geçer. 14. yüzyılı Aydınoğulları’nın yönetiminde geçiren 15.yüzyılın başlarından itibaren tüm ülke gibi Osmanlı yönetimi altına girer.

Kesin olarak bilemediğimiz bir tarihde Anaia yaşayanlarının burayı terkederek kıyıdan yaklaşık 3- 4 km. içeride uzun yıllar Anya adı ile anılan Soğucak köyü civarına yerleşmiş olmaları kuvvetleli bir olasılıktır.

Kuşadası’nın  yükselmesinin nedenleri arasında sadece Ephesos-Ayasuluk’un değil, aynı zamanda Anaia’nın limanı – veya limanlarının alüvyonla dolmasının etkisi olmalıdır.